عده ای به منشأ غیر آلی برای نفت اعتقاد دارند. دانشمندانی مثل مندلیف باور به منشأ ماگمایی هیدروکربنها، معتقد بودند و بیان میکردند که گوشته زمین دارای آهن کاربید است که میتواند با آبهای نفوذ کننده؛ واکنش کرده و متان و دیگر هیدروکربنها را تشکیل دهد. بعضی نیز معتقدند در زمان تشکیل سیاره زمین مقدار زیادی گاز کربنیک در درون زمین به تله افتاده و به مرور زمان در اثر گسله هایی به سمت بالا مهاجرت و وارد پوسته زمین شدهاند و در حوضه های رسوبی به دام افتاده و در نهایت با آب های موجود واکنش داده و هیدروکربنها را تشکیل داده اند. اما نظریه دیگری که طرفداران و شواهد بیشتری نیز دارد به منشأ آلی نفت اعتقاد دارند طرفداران این نظریه معتقدند که از ته نشین شدن مواد آلی حاصل از بقایای گیاهان و جانوران همراه با رسوبات در یک حوضه رسوبی در حال فرونشینی و با گذشت زمان که رسوبات دچار افزایش دما و فشار میشوند؛ این مواد آلی به تدریج تبدیل به کروژن و نهایتاً نفت و گاز میشوند. کروژن مخلوطی از ترکیبات شیمیایی آلی است که بخشی از مواد آلی موجود در سنگهای رسوبی را تشکیل میدهد گروژن ها به دلیل وزن مولکولی زیادشان در حلالهای آلی حل نشدنی بوده و دارای ساختمان پلیمری میباشند.

برخی از انواع کروژن (Kerogen) هنگامی که به درجه حرارت مناسب در پوسته زمین برسند، نفت خام یا گاز طبیعی تولید میکنند که در مجموع به عنوان هیدروکربن و سوختهای فسیلی شناخته میشوند وزن مولکولی نفت بسیار متغیر است. نفت هایی که شامل سازنده هایی با وزن مولکولی کم باشند، نفت سبک نامیده میشوند. نفت های سنگین شامل موادی با وزن مولکولی زیاد هستند. نفت شامل مقادیر کمی ترکیبات آلی دارای نیتروژن سولفور و مقدار کمی ترکیبات فلزی مثل وانادیوم می باشد.

کلمه پترولئوم (نفت)، از پترا (Petra) معادل یونانی واژه سنگ و اولئوم (Oleum) به معنای روغن صخره است که به هیدروکربن هایی که در صخره های رسوبی به شکل گاز مایع و یا نیمه جامد وجود دارند، گفته می شود. از نقطه نظر شیمیایی نفت مخلوطی از ترکیبات هیدروکربنی گوناگون است که اغلب حاوی مقدار کمی ترکیبات نیتروژن، اکسیژن و مقدار بسیار ناچیزی از ترکیبات فلزی است.